此時德川家光獨攬大權，對于內部的叛亂非常懊惱，他雖然知道叛軍的背后都有明朝的影子，但他自知現在還不能公然對抗明朝。為了盡快消滅這些叛軍，他決定向明朝遞交國書，表示愿意以大明為宗主國，定期到京師朝貢，同時要求明朝出兵牽制瀨戶內海的英格蘭艦隊。

        對于德川家光的盛情邀請，朱由校當然不會放過這個千載難逢的機會，他不但派出海軍精銳進入江戶外海，還動員二十萬大軍分三路占領九州島。

        第一路由洪承疇、沈有容、鄭芝龍指揮，率領商人武裝、朝鮮軍隊共三萬人從鹿兒島登陸，然后由南向北推進。

        第二路由袁可立、熊文燦、顏思齊指揮，率領明、臺、呂宋將士六萬人占領福岡，修筑工事防止本州島的幕府軍反撲。

        第三路由南居益、蔣德璟、甘輝指揮，率明朝水師精銳十一萬人直撲長崎，在李國助、楊天生等人的配合下穩定長崎城內的局勢，然后兵分兩路向鹿兒島和福岡推進，在其他兩路軍隊的配合下夾擊島內的反抗力量。

        熊廷弼、商周祚、毛文龍負責遠征軍的后勤補給，確保從明朝境內和朝鮮運送的兵源、輜重能夠順利的進入九州島。同時封鎖臺灣海峽，禁止外國船只出入，所有的海外貿易暫時在泉州和廣州進行。

        大軍出征，浩浩蕩蕩，錦旗無數，遮天蔽日。朱由校檢閱完三軍后天色早已遲暮，當夜決定在沙灘上來一場別具一格的篝火盛宴，借此向主要將領攤牌。

        當晚繁星點點，海風吹打著軍旗響聲瑟瑟，身后的海浪奮不顧身的拍碎在礁石上。朱由校與眾將士合唱了幾首軍歌后，這才起身舉杯說道：

        “此番三路大軍共計二十萬人，加上預備隊和后勤人員，總兵力超過一百萬人。朝廷如此興師動眾目的只有一個，那就是消滅倭寇，將日本納入明朝版圖，徹底解決大洋爭霸的后顧之憂。

        兵法云‘將在外君命有所不受’，朕不會干預前線的作戰指揮，你們盡情的放開了來打，打贏了朕給你們封侯授爵，打輸了朕替你們撫恤家人。總之，這場遠征只有一方可以活下來，那就是我們，正義必勝！”

        說完，朱由校拔出寶劍劈向天空，劍鋒劃破夜幕，欲帶給世人光明。此時眾人早已沸騰起來，這些年朱由校帶領他們追南逐北，建功無數，在將士們的心里他就是不敗神話。此番征服日本，他不僅采用了分化的策略來減少敵人的阻力，而且出動百萬大軍確保萬無一失，甚至放權給前線的將領自主尋覓戰機，這就等于給百萬猛虎解開繩索，兵鋒之銳可想而知。

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