這場由朝廷為主導，歐洲學者推波助瀾，士大夫階層廣泛參與的文化交流，史稱東學西漸。其目的是要開啟民智，放眼看世界，同時抑制儒術，打破三綱五常對漢人的思想束縛。

        當然，這種變革肯定會遭到激烈的反抗，孫承宗、熊廷弼、黃克纘、范景文、韓熀、楊漣等一干精英倒吐幾口老血，拼死勸諫朱由校要三思而后行。他們認為從漢武帝罷黜百家后，經史子集一直是歷代王朝的正統學說，而西洋百科不過是三教九流的怪論，不能登大雅之堂。

        這些老臣都是十年寒窗的飽學之士，幾十年的官場歷練已是經緯之才，他們受惠于圣人的學說，因為也堅定的支持儒家的正統地位。他們原本以為小皇帝是位傳統的殉道者，南征北戰不過是為了維護大一統的王朝地位。可是他們低估了這位略顯稚嫩的少年天子，更沒有發覺他早就開始為這場西學東漸運動進行大量的鋪墊工作。

        當初朱夔元平息奢安、水西之亂，戚興國在龍場宣讀圣旨，命貴州巡撫王三善為王陽明修建祠堂。伺候王門心學的弟子們得到朝廷的重用，南居益、來宗道、袁崇煥、盧象升、左光斗等人成為炙手可熱的人物。

        在這場思想的碰撞當中，浙江參政朱宗元表現的最為激烈。他公開上奏折譏諷那些四體不勤五谷不分的保守派，建議朝廷修改開科取士的標準，擴大選拔人才的范圍，導致新舊兩派的爭論已經不可調和。

        朱宗元認為西方的天文學、物理學、數學、律歷都是窮源探委的應用學科，鐘表、望遠鏡、起重機、樂器莫不精工絕倫，荷戈之士配上火槍巨炮皆是萬人敵。在科技的推動下，歐洲彈丸之國的商船遍賈世界，積累了大量的原始資本，其富庶程度絲毫不遜色于中原地區。

        雖然朱宗元過分的夸大了歐洲的實力，但假以時日明朝被歐洲超越并不是癡人說夢，而且這種端倪在征服日本的過程中已經有所體現。當初約瑟夫臨陣倒戈，僅用九艘戰船就封鎖了江戶外海，炮擊德川家光的守軍，協助明軍順利的登陸。事后南居益和洪承疇均對此進行反思，認為英格蘭不過是方寸之地，其戰力卻不在大明皇家海軍之下。他們的航海天賦出類拔萃，應當主動向其學習造船和鑄炮技術，師夷長技以自強。

        這場爭論由于雙方勢均力敵，誰也沒能占據上風，最后只能求助小皇帝主持公道。這些年朱由校跟著方從哲、葉向高學習，早就成為一名和稀泥的高手，他假裝很不情愿的將八股取士改為申論和行政能力測試，但強調考試必須以儒家經典為主，歐洲學科為輔，綜合考察學生的能力。另外恢復漢朝時期的察舉制，由皇帝根據具體情況破格選撥人才，借此打破士大夫階層對官僚集團的壟斷，讓寒門子弟能夠有機會施展才華。

        這種文理并行的選才制度確立以后，大明王朝迅速補充了許多工科人才，瞿汝夔、李之藻、楊廷筠這些開明士紳逐漸進入大明權力的中心，在他們的帶領下，明朝的知識份子開始重視對物質世界的探索，已經走在了西方的前列。

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