順軍野戰主力在北直隸戰敗的結果引起了一連串的動蕩。五月至六月，北直隸、山東、河南等原先臣服于大順的地區紛紛易幟反叛。奉命收復河南的明軍陳威甫、田雄、劉洪起等部從汝寧府出發北上，所經之處官民響應，簞食壺漿夾道相迎。譬如歸德府知府桑開第與前大明督師丁啟睿之弟參將丁啟光聯手逮捕了大順在歸德府委任的各州各縣地方官，迎接明軍進入府城，原先駐扎懷慶府的鄖陽侯許定國亦率兵來合，聯營睢州。

        五月下旬，被明軍追逐、在湖廣無所遁形的李成棟帶著數十騎逃竄河南，廣文祿是以帶著靖和前營回軍河南，與其余幾路兵馬會合，眾達兩萬余人，實力完全超過了殘留在河南的順軍。但是李成棟卻與許州韓甲第、裕州李好、襄城縣劉鉉等土寇勾結，作亂各地，故而河南尚未能說真正平定。

        鑒于當前形勢有變，趙當世隨即重新劃分了軍一級的臨時指揮編制，劃清職責。

        陜西方面，分三個軍，分別為趙當世軍、侯大貴軍與徐琿軍。

        原先郭如克軍合并進趙當世軍，如此一來，趙當世軍便有起渾營、鎮筸營、青桐營及馬萬年、三譚、趙光遠、張應元、王允成、宋紀、馬鐵貝、趙‘榮貴、劉貴、李際遇等并川北各部總計四萬七千兵馬。其中鎮筸營乃是經過兩個月的修整補員，在近期重回陜西的。

        徐琿軍大體保持效節營、昌洪左營、昌洪右營的老本嫡系不變，加上黃得功的一萬兩千人，總計一萬八千兵馬。

        侯大貴軍則在原有無儔營、靖和中營、一沖營的基礎上增加飛捷左營、飛捷右營、長寧營、忠貫營和從青桐營分出的賀人極部馬軍，共計一萬兩千兵馬。

        河南方面，新設廣文祿一個軍，轄靖和前營、昌洪前營及田雄、劉洪起、丁啟光、許定國等各部，總計兩萬一千兵馬。

        南直隸方面，新設左夢庚一個軍，轄左家軍及方國安、袁時中等部，總計三萬兩千兵馬。但南京情況未定，如若后續進展順利，將南京周邊劉肇基、張天祿等部收編，屆時兵力規模還要進一步擴大。

        湖廣方面，新設劉世俊一個軍，轄五牙營、國安營，同時和湖廣提領衙門合作，算上團結兵，當有三萬四千兵馬。

        四川方面，依舊由王來興軍負責，轄練兵營、靖和后營及劉佳胤、曾英等部，總計一萬三千兵馬。因王來興坐鎮重慶府，軍務向川南、川東傾斜，所以成都與川北的軍政主要以四川提領衙門為主，有兩萬兵馬。

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